核心结论：自2016年5月1日起，营业税已全面取消。转让自然资源使用权（含土地使用权、探矿权、采矿权、水资源使用权等）不再缴纳营业税关于转让自然资源使用权营业税政策，统一缴纳增值税关于转让自然资源使用权营业税政策大城新闻网，属于"销售无形资产"税目。
营业税时期政策回顾（2016年4月30日前）
在营业税还存在的那些日子里, 转让自然资源使用权的情况, 是适用名为“转让无形资产”的这个税目的, 税率定的是百分之五。具体情况包含下面的这些方面:
土地使用权转让的这件事情, 它是以转让出去以后拿到手的钱数, 去减去原来购买的时候花掉的原价, 然后算出来一个剩下的余额, 这个余额呢是用来作为营业额的, 接着按照百分之五的这个比例来征收营业税, 具体的依据是《营业税暂行条例》以及财税〔2016〕36号文附件里头的关于营改增之前的那些规定。
对于探矿权、采矿权转让这个事情来说, 它是应当按照“转让无形资产”这个税目来进行计算的, 这里的计算办法是以全部的转让价款作为营业额, 所使用的税率是百分之5。
对于水资源使用权、海域使用权等, 我们参照"转让无形资产"税目来处理, 税率是5%。
这个政策到了2016年5月1日, 因为增值税全面替代营业税这一措施被全部实施, 所以就停止适用了。
现行增值税政策（2016年5月1日起至今）
根据, 财税〔2016〕36号文《营业税改征增值税试点实施办法》的相关规定, 转让自然资源使用权的行为, 现在是被归入到销售无形资产这个类别里面的:
关键计税规则：
1. 计税依据是这样的, 对于土地使用权这块儿, 是把全部的转让价款减去土地使用权的购置原价, 然后剩下的那些余额就算作是销售额, 这里面限定的是仅限于土地使用权的情况了, 并且前提条件是需要取得合法的发票才行；再来看看探矿权、采矿权等等这些其他的权利, 就是直接以全部转让价款作为销售额来计算的, 在这个环节里面, 是完全不可以扣除原来的价值的。
2. 在发票管理这个环节里, 情况是这样分开的。如果是增值税一般纳税人开增值税专用发票的话, 那就由他们自己来开具。要是小规模纳税人需要开票的话, 那么有两种途径是可以选择的。可以选择去申请让税务机关来代开发票, 也可以选择自己去开具发票。
3. 如果发生了转让土地使用权的行为, 那么根据《土地增值税暂行条例》的规定, 还必须依法缴纳土地增值税。这一项税费是和增值税一起存在的, 两者是并行关系, 千万不要把这两个概念混淆起来。
实操注意事项
针对跨期业务处理这个事项来说, 如果在2016年5月1日之前已经签订了合同, 可是到5月1日之后才发生交付或者转让的行为, 那就得按照合同约定的价款去开具发票, 同时要缴纳增值税, 绝对不能再按照营业税的处理办法来办理。
差额扣除凭证: 如果在进行土地使用权转让的时候, 适用的是按照差额来征税的办法, 那么用来扣除原价的那个凭证, 就必须是那种由省级或者包括省级以上的财政部门还有税务部门共同监制的发票。另外一点就是, 在转让这个土地环节里面所交纳契税的那个完税凭证, 也可以作为这种用来扣除的凭证使用。
地方性资源税: 在转让矿产资源使用权的时候, 如果大家涉及到有资源税需要去缴纳的义务的话, 那么资源和增值税这两个东西属于不一样种类的税收, 所以需要分别去进行申报, 互相之间是没有办法进行抵扣的。
营改增过渡期退税这个事儿, 如果纳税人在2016年4月30日之前, 就已经办好了营业税的纳税申报手续, 但是发票还没有开出来, 那么这个纳税人就可以去跟主管税务机关打个招呼, 申请把交过的营业税给退回来, 或者把这个钱用来抵减需要缴纳的增值税。
政策依据汇总, 这是根据相关文件整理出来的内容, 具体包括了《营业税改征增值税试点实施办法》, 这个文件是财税〔2016〕36号附件1规定的, 还包括了《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（2019年第39号）, 最后还列出了《土地增值税暂行条例》, 它是国务院令第138号发布的。
本文里面所说的税率还有政策都是要看现在有效的那些文件为准的。具体的业务能不能用这个办法, 就得去以主管税务机关最后的认定为准的。
